Desde a morte de seus pais, Shinpei Ajiro vivia com a família Kofune e suas duas filhas - Mio e Ushio. Embora ele tenha deixado sua ilha natal para continuar sua educação em Tóquio, Shinpei retorna depois que Ushio se afoga tragicamente durante a tentativa de resgate de uma garotinha. Durante o funeral, seu melhor amigo o informa sobre hematomas encontrados no pescoço de Ushio, lançando dúvidas sobre a causa de sua morte.Suspeitando que um assassinato ocorreu, Shinpei reavalia os eventos recentes, mas incidentes estranhos continuam a acontecer. O desaparecimento de pessoas e outras ocorrências inexplicáveis levam Mio a relembrar um antigo conto popular referente a entidades chamadas Sombras, que podem não ser inteiramente fantasia. Supostamente, um encontro com a própria Sombra prediz a morte iminente da pessoa.Enfrentando o lado sombrio da Ilha Hitogashima, Shinpei se opõe ao seu destino sombrio para cumprir a vontade final de Ushio - proteger Mio.