O anime começa no ano de 1614. Dois clãs ninjas começam a lutar entre si. Cada um defende um dos filhos do shogun Tokugawa e o clã vencedor definirá o herdeiro do Japão. Os clãs são Iga do vilarejo de Tsubagakure, e Kouga do vale de Manjidani. Cada clã conta com 10 ninjas de cada lado na disputa.