Na cidade de Den City, milhares de duelistas participam de um espaço de realidade virtual conhecido como Link Vrains, onde os usuários podem criar avatares únicos e participar de jogos de Duelo de Monstros entre si. Enquanto uma misteriosa organização de hackers conhecida como os Cavaleiros de Hanói ameaçam este mundo, um estudante do ensino médio chamado Yusaku Fujiki luta contra eles sob o disfarce de Playmaker. Um dia, Yusaku encontra um programa peculiar de inteligência artificial, que ele chama de Ai, que desencadeia um turbilhão digital em Link Vrains conhecido como Data Storm. À medida que o aparecimento dessa tempestade dá origem a Speed Duels, em que os duelistas surfam no vento enquanto duelam, Yusaku luta contra Hanói para descobrir a verdade sobre um incidente que aconteceu com ele anos atrás.