Nas profundezas das montanhas Ararat da Turquia, uma organização secreta conhecida como ARCAM encontrou o que se acredita ser a Arca de Noé. No entanto, o U.S. Machine Corps., uma organização desonesta do Pentágono, quer assumir a Arca como um meio de supremacia. Apenas um agente especial do ARCAM conhecido como Spriggan está em seu caminho. O japonês Spriggan Yu Ominae se une ao francês Spriggan Jean-Jacques Mondo para combater membros do U.S. Machine Corps. liderado pelo coronel MacDougall - um menino geneticamente aprimorado com poderes psiônicos mortais. No entanto, eles devem agir rápido e parar MacDougall antes que ele use a Arca para sua própria agenda.