Yato e Yukine finalmente consertaram seu relacionamento como deus e Regalia, e todos voltaram à sua vida diária. Yato continua a ser uma divindade menor e desconhecida que continua fazendo biscates por cinco ienes cada na esperança de um dia ter milhões de fiéis e seu próprio grande santuário. Hiyori Iki ainda não teve sua alma solta consertada por Yato, mas ela aproveita a vida e se prepara para o ensino médio. Tendo lugar imediatamente após a primeira temporada, Noragami Aragoto investiga o passado complicado entre Yato e o deus da guerra Bishamon. O deus feminino guarda um rancor misterioso contra Yato, que muitas vezes resulta em confrontos violentos entre eles. Não ajuda que o mais confiável e amado Regalia de Bishamon, Kazuma, pareça estar em dívida com Yato. Quando vidas estão em jogo, desvendar esses mistérios e outros pode ser a única maneira de corrigir erros do passado.