O futuro distante, 5012.A súbita invasão aérea da Terra por No entanto, a guerra chega a um impasse quando as ＜Machine Lifeforms＞ continuam a se multiplicar infinitamente. Por sua vez, a humanidade implanta uma nova unidade de soldados andróides como uma arma definitiva: ＜YoRHa＞Recém-enviado para a Terra ＜2B＞ se junta a ＜9S＞, o analista atualmente estacionado lá, onde em meio a sua missão, eles encontram uma miríade de fenômenos misteriosos...Esta é a história desses ＜andróides＞ sem vida e sua luta sem fim pelo bem da humanidade.