Depois que uma nave espacial misteriosa colide com a Terra, a humanidade percebe que não está sozinha. Temendo uma ameaça potencial do espaço, o mundo afasta seu nacionalismo, interesses conflitantes e diferenças culturais, unificando-se sob a bandeira das Nações Unidas. As forças recém-formadas da ONU decidem redirecionar a espaçonave alienígena, denominando-a SDF-1 de Macross. Infelizmente, no dia de sua viagem inaugural, uma frota de naves espaciais pertencentes a uma raça de alienígenas conhecida como os Zentradi desce sobre a Terra, e o SDF-1 Macross , agindo por sua própria vontade, abate. o esquadrão de entrada, provocando uma guerra intergaláctica. Na tentativa de escapar, o Macross tenta se lançar na órbita da Lua, mas a nave - assim como a cidade em que estava - é teletransportada para os confins do espaço. Apanhados nessa confusão estão Hikaru Ichijou, um piloto acrobático de espírito livre, e Minmay Lynn, uma aspirante a cantora. Esses dois, ao lado da equipe de Macross, experimentam uma jornada épica repleta de sofrimento e drama, enfrentando as crueldades da guerra ao longo do caminho.